Em junho de 2017, o Botafogo acertou a contratação de Marcos Vinicius, com alto salário e contrato de três anos. O vínculo vai se encerrar no dia 30 de junho de 2020, dia que o meia deixará oficialmente de ser jogador do clube.
Hoje emprestado ao Botafogo-SP, desde fevereiro, com parte dos vencimentos paga pelo Botafogo, Marcos Vinicius não se firmou. Em três anos, disputou apenas 47 jogos e fez sete gols, e conviveu com diversas lesões.
Marcos Vinicius chegou ao Botafogo com o aval de Jair Ventura, em troca pelo atacante Sassá, que negociava saída do clube. Ele foi emprestado duas vezes, para Chapecoense e Botafogo-SP, e em ambas pouco jogou.
