Quando ele chegou no Botafogo, já deixou claro que brigaria pelo seu espaço. Seja como terceiro homem do meio-campo ou mais recuado, sendo volante. E em meio as lesões que castigaram Camilo e Montillo nesses dois primeiros meses de 2017, João Paulo aproveitou para conquistar seu espaço no Glorioso, sendo presença em campo nos quatro jogos do Glorioso nesta Libertadores.
O meia foi comprado pelo Botafogo por aproximadamente R$ 3 milhões, vindo de duas boas temporadas no futebol pernambucano, atuando como camisa 10 do Santa Cruz. Nos primeiros treinos da pré-temporada, chegou a atuar junto com Montillo e Camilo, compondo uma trinca na criação. E na ausência de um dos dois foi que ele acabou se firmando como um dos titulares do Alvinegro.
Sua estreia foi contra o Colo-Colo, no jogo de ia, quando entrou no lugar de Camilo. e com o camisa 10 fora de combate, ele foi titular no Chile. No jogos contra o Olimpia, substituiu um lesionado Montillo logo no começo da partida de ida, sendo novamente titular na decisão fora de casa, agora no Paraguai.
Além da característica de distribuição de jogo, o esquema com João Paulo permite ao técnico Jair Ventura ter um domínio maior do meio-campo. Sua polivalência no setor central – aliada aos problemas físicos do Botafogo com a maratona de jogos em 2017 – fazem do atleta uma peça importante no elenco.
